URLの正規化がうまくできません。

只今、URLの正規化を行っておりまして、「www有り無し」はhtaccessを使用し、うまくいったのですが「index.html有り無し」が何度やってもうまくいきません。 そこで、自分のサイト内のリンクを全て、相対パスから絶対URLへと修正したのですが、まだ正規化ができてません・・・現在サイトは５０ページぐらいのものなので見逃してはないと思うのですがもしどこかに相対パスが残っているのであれば、それを調べる方法はあるのでしょうか？ また、他に原因がある可能性があるのでしょうか？ この件で3日程、悩んでおります。 是非、どなたかお答え頂けましたら助かります。